9月17日、18日，云南省卫生监督局、昆明市、昭通市各级卫生监督机构共派出11名监督员，分别对鲁甸、巧家两县灾区的部分一线卫生监督应急队员进行了再次轮换。
截止到9月18日17时00分，省、市、县三级13家卫生监督机构先后共有卫生监督员94人参与灾后卫生监督应急工作，现实际在灾区一线的卫生监督员共42人。共计出动卫生监督员2194人次，车辆396车次，对灾区应急免疫、生活饮用水、传染病防治等进行了监督检查，共监督检查集中安置点965个次、学校286个次；市政集中式供水单位24户次、乡镇集中式供水单位89户次、分散式供水1765户次、自备水926户次；监督检查医疗机构680家次，医疗救治点421个次，监督检查应急疫苗接种点124个；共采集水样502个送疾控中心检测，开展现场水质快速检测498件。发放宣传资料共计13156份。设置生活饮用水水源防护警示牌及卫生安全知识提示牌98块，下达卫生监督意见书37份。查处非法行医案件3起。