随着各市州支援队伍的陆续到位，四川省卫生执法监督总队开始对芦山地震灾区各乡镇的卫生防疫监督情况进行督导，确保各项卫生防疫措施落实到位。
4月25日，监督组进入地震最中心也是受灾最严重的龙门乡和最边远的宝盛乡开展卫生监督，了解当地饮用水状况、医疗点医疗救治情况及传染病疫情、狂犬疫苗使用及药品储备等情况，同时督查核实各市州监督疾控应急组及医疗救治单位的到位情况。
监督组在龙门乡了解到该乡镇受灾人口23000余人，建有100人以上的临时安置点20个，其余受灾群众均分散安置，卫生监督、防疫、医疗等单位已全部到位，全乡饮用水供给、消毒及卫生宣传工作正逐步落实，医疗点医疗救治工作开展正常。但也发现以下亟须解决的问题，一是安置点尚未建立旱厕等临时卫生措施，个人卫生及生活垃圾未及时坑埋处理，滋生的蚊蝇严重影响安置群众健康，特别是红星村垃圾处理场离居民点仅30-40米，急需处理；二是该乡有7个养猪场，地震后，部分养猪场出现生猪死亡，如隆兴村罗家坝养猪场死亡生猪十头，急需尽快开展保险理赔并消杀处理，避免发生疫情。
随后，监督组赶赴宝盛乡，在路过地震塌方路段时车辆两次被山上的落石击中，监督人员临危不乱，继续挺进灾区一线。监督组向驻扎宝盛乡的乐山应急救援队了解到，由于地形条件限制，该乡受灾群众基本都是分散安置，个人卫生和生活垃圾的处理对环境影响不大；饮用水方面，由于震后输水管道已基本修复，群众所用饮用水仍然与地震前一样以山泉水为主，卫生监督人员在各取水点采集的样品送县疾控中心后一直没收到水质情况的回复，卫生人员按规定要求群众使用发放的消毒粉剂时由于缺少验证数据遭到群众的质疑。
针对督导发现的问题，监督组向指挥部进行了报告，针对宝盛乡饮用水问题，希望县疾控中心尽快拿出水质检测报告，要求一线的卫生监督员根据实际情况灵活地向群众进行饮用水卫生宣传和指导。