地震使芦山县13家集中式供水单位不同程度受损，均无法正常供水，群众饮用水主要采用瓶装水及泉水、井水和河水等分散式取水，饮用水卫生安全成为卫生防疫工作的重中之重。按照四川省卫生厅统一部署，省、市、县卫生监督、疾病控制领导、专家第一时间赶赴芦山灾区，成立了芦山抗震救灾卫生防疫指挥部。9支由对口支援市卫生监督和疾控人员组成的卫生防疫队，全覆盖了芦山县的四乡五镇46个村（社区），全力做好灾后卫生防疫工作。
卫生防疫指挥部统一组织在灾区的9支卫生防疫队伍，紧张有序地开展生活饮用水卫生监督监测工作。卫生监督员深入到居民（村民）取水点，查看水源是否受到污染，并进行快速检测，提出监督意见。疾控人员抽取水样，送回卫生防疫指挥部设立的账蓬临时实验室进行浑浊度、色度、PH、嗅和味、氨氮、化学耗氧量、总大肠菌群、大肠埃希氏菌等8项指标的检测分析。检测发现有不合格的，及时向指挥部卫生监督工作组反馈，工作组立即指派划片包干的卫生监督员赴水源地设置“此水源不合格、禁止饮用”的标识，并通报到乡镇政府或社区（村）委员会。经简单处理，可以饮用的应急水源，卫生监督员根据实际情况提出饮水净化、消毒等指导意见，并制作简易饮用水源提示牌。
卫生防疫人员还大力开展饮用水卫生安全知识宣传，深入指导受灾群众饮用水消毒，科学用水，安全用水。卫生监督、疾病控制机构密切配合，采取有效措施，有力促进了灾区群众的饮用水卫生安全，构筑了灾区饮用水卫生安全的保护墙。