2012年7-10月新疆卫生监督机构根据历年新疆医疗卫生机构传染病防治的情况，特别是去冬今春脊髓灰质炎、麻疹疫情，结合全区上半年传染病防治监督重点检查工作中存在的问题，按照组织动员、自查、专项监督、整改落实四个阶段组织省、地、县市三级卫生监督机构上下联动，开展全区医疗机构专项监督检查工作。专项监督检查涉及传染病疫情监测、信息报告管理，疫情处理，AFP病例监测，免疫接种，医疗废物管理， HIV初筛及结核病实验室消毒隔离。
本次监督检查共出动了监督员8739人次和2465车次对107家疾病预防控制机构、8582家医疗机构、15家血站和6个单采血浆站进行了监督检查。对84家疾病预防控制机构、6597家医疗机构、9家血站和6个单采血浆站下达了监督意见书，对1家疾病预防控制机构、182家医疗机构进行了处罚，对13家医疗机构采取行政强制性措施。
本次专项检查对各地州卫生监督机构监督检查的覆盖率、各医疗机构传染病防治措施的执行情况进行了统计分析，综合性的提出了存在的问题和建议，为下一步做好自治区医疗机构传染病防治提供了重要的参考依据。