根据卫生部《2012年卫生监督重点检查计划》和《2012年北京市传染病防治监督重点检查计划》监督检查要求，北京市各级卫生监督机构对医疗卫生机构传染病疫情报告制度执行和医疗机构消毒隔离情况开展了日常监督检查工作。
截至2012年10月31日，全市对医疗卫生机构传染病疫情报告制度执行情况共监督检查了6879家，监督覆盖率达到74.47%。其中建立了疫情报告制度和有专人负责传染病疫情报告工作的单位分别占99.45%和97.5%；有疫情登记记录的单位占95.26%；全市传染病疫情报送网络系统覆盖率达到33.36%；有19.19%的单位可开展传染病疫情监测分析。
对全市医疗机构消毒隔离情况监督检查了6746家，监督覆盖率达到71.70%。监督检查结果显示全市有81.32%的单位设置了消毒工作管理部门；有98.64%的单位建立了消毒隔离制度和流程；定期开展消毒与灭菌效果监测的占76.98%。全市各级卫生监督机构全面完成了2012年对医疗卫生机构传染病疫情报告制度执行情况和医疗机构消毒隔离制度执行情况的监督检查工作。