为贯彻落实卫生部《卫生监督机构绩效考核实施办法》等文件精神，按照《兵团师（市）级卫生监督工作绩效考核实施方案》要求，在各师（市）自查的基础上，由局领导带队，兵团卫生局、兵团食品药品监督管理局和我所联合组成两个绩效考核组于2012年11月17-30日，对兵团14个师（市）卫生监督工作和餐饮服务食品安全监管工作进行了绩效考核。
此次绩效考核采取听取汇报、查阅资料、现场核查相结合的方式，对14个师（市）落实2012年兵团卫生监督重点工作、依法履行卫生监督与餐饮服务食品安全监管职责、提高卫生监督执法能力和水平等情况进行了绩效考核。并且在每个师抽取一个驻团所进行考核。考核中体现了既切合兵团实际，又坚持较高标准；既考核具体业务，又考核管理水平；既注重年度考核，又注重联系平时检查结果；既反映行业特点，又反映社会效果；既突出重点工作，又凸显发展潜力的原则，收到了良好的效果，为绩效考核工作开了一个好头。
考核成绩由考核组按照考核办法规定的具体内容，分别逐项进行打分，最后计算总分进行等次评定再进行通报。
本次绩效考核与往年考核相比有以下几个特点：一是考核方式不同。此次考核将卫生监督专项稽查工作融入绩效考核中，减少了重复检查，提高了工作效率；二是考核工作更具指导性。本次绩效考核工作既是对全年工作的一个总结验收，又是对各师（市）卫生监督机构的一次现场业务指导。三是把卫生监督机构绩效考核工作推广成为一项长期工作，成为各级卫生行政部门每年对同级卫生监督机构考核的一项重要工作任务。