7月21日，北京市遭受了特大暴雨洪涝自然灾害，为有效预防和控制暴雨洪涝后传染病疫情、食源性疾患和饮用水污染等突发公共卫生事件，保障公众身体健康和生命财产安全，确保灾后无大疫，根据市委、市政府、市应急办、市防汛抗旱指挥部和市卫生局的统一部署，北京市卫生监督所立即组织制定救灾应急工作方案，于7月24日下发了《北京市卫生监督所关于加强7.21特大自然灾害救灾卫生监督工作的通知》（京卫监所字〔2012〕69号），明确灾后卫生监督工作要点，实施每日“零”报告制度。
北京市卫生监督所进行了明确的职责分工，分组联系区县卫生监督机构，了解灾后监督执法情况，及时汇总信息资料上报市卫生局应急办；同时，所领导分头带领多支队伍深入区县，慰问一线卫生监督员，实地了解灾情，有针对性的提出指导意见，分别于22日、24日、25日到达受灾最严重的房山、门头沟、燕山等地区了解受灾情况，并现场指导灾后卫生监督应急工作。
针对个别水厂由于停电、停水造成水源水质变化，北京市卫生监督所已经要求全市各供水单位尽快排查雨涝灾害中受到破坏的水源井、补压井及供水管线情况，及时采取应急措施，加强对水源井巡查、补压井采取严格的消毒，切实保障全市市政供水卫生安全。（北京市卫生监督所供稿）