江苏省卫生监督所受卫生部食品安全综合协调与卫生监督局委托，于2011年5月承担了《医疗卫生机构传染病防治监督工作指南》编制任务，根据卫生部监督局2011年度的工作计划，依据相关法律、法规、部门规章赋予的监督工作职责以及的有关要求，江苏省卫生监督所于2011年5月1日至11月30日，通过开展各级各类医疗卫生机构现场调研、编写提纲、全国论证、统稿以及在江苏、四川、重庆各级卫生监督机构的现场验证，并于2011年11月28-30日在南京召开了定稿会，邀请了安徽、江西省传染病防治卫生监督专家参加，进一步完善了该指南。
该指南的编写是在“监督员手册”基础上，以监督职责、工作要点、检查内容与方法、应对突发传染病疫情监督、违法行为处理工作指导、执法依据等内容为重点，突出了实用性，便于基层卫生监督员的操作，特别为经常轮岗的基层卫生监督员依法做好传染病防治监督检查工作提供必要的工具书，以满足我国目前基层开展传染病防治卫生监督的工作要求。目前该项工作已按项目任务书的要求顺利完成并上报卫生部监督局学校卫生与传染病监督处。