7月下旬以来，吉林省局部地区遭受特大暴雨，部分地区出现洪涝灾害，吉林省卫生厅卫生监督所一直与受灾县（市、区）卫生监督部门保持密切联系，随时关注各地灾情和卫生监督应急工作进展情况，及时提供监督指导和技术支持。
7月28日，按照省卫生厅防汛工作会议指示精神，吉林省卫生厅卫生监督所组织召开了卫生监督应急领导小组会议，研究部署洪涝灾害期间卫生监督应急工作。修定并下发了所洪涝灾害期间卫生监督工作应急预案，组建了以食品安全、生活饮用水、环境、传染病防控卫生监督为主的卫生监督应急队伍，对所内监督员开展洪涝灾害卫生监督应急处置培训，取消职工休假，所有人员24小时待命。
7月30日，吉林省所组织召开洪涝灾害期间卫生监督工作协调会，传达省卫生厅防汛紧急会议精神，通报了吉林省永吉县灾区情况，并组织长春、吉林、松原地区松花江沿岸县（市）卫生监督机构开展生活饮用水卫生监督监测工作，并实行每天报告制。
8月1日，为进一步加强洪涝灾害地区食品安全、生活饮用水、环境及传染病防控卫生监督工作，指导全省卫生监督应急处置人员有效开展卫生监督工作，减少自然灾害带来的损失，吉林省所组织专家编写了《吉林省洪涝灾害地区卫生监督工作指导手册》，并下发到受灾严重的地区。
8月2日上午，为进一步完善洪涝灾害地区卫生监督应急响应措施提供依据，按照省卫生厅抗洪救灾会议指示精神，吉林省所抽调15名业务骨干（其中一人兼司机）和四名司机，组成5个督查组，分赴受灾严重的吉林、松原、通化、白山、延边、长春地区，对洪涝灾害卫生监督应急工作开展情况进行督导检查，重点督查洪涝灾害地区预案启动、医疗救治、传染病防控、食品安全监督及卫生防疫等工作开展情况，特别进一步掌握松花江沿岸县（市）生活饮用水水质监督监测情况。