为了规范保健食品生产企业的管理，提高保健食品生产和管理水平，提升企业的竞争力，杜绝部分保健食品企业作坊式生产现象，清理一批生产落后、科技含量低的中小企业，四川省卫生执法监督总队按照《卫生部关于印发保健食品良好生产规范审查方法与评价准则的通知》和《四川省卫生厅关于保健食品生产企业实行GMP管理的通知》要求，从2004年4月1日起，对四川省原50多家保健食品生产企业进行了清理。各保健食品生产企业按照GMP的要求对企业的硬件设施和软件资料进行了整改、完善和自查自纠，在此基础上，省卫生厅组织由从事食品卫生监督、食品卫生检验、食品卫生与营养研究等专业技术人员组成的保健食品GMP专家组进行现场审核。对达到保健食品GMP要求的企业，发放保健食品GMP证书和保健食品生产卫生许可证。
经过一年多的清理，目前，四川省共有25家保健食品生产企业获得了保健食品GMP证书并取得了保健食品生产卫生许可证。未通过保健食品GMP审查的企业于2004年10月31日后全部停止了生产，不少产品退出了市场；还有一些企业按照卫生部的有关要求，通过合同并公证的形式，委托符合保健食品GMP的企业生产。目前，四川省已有10家保健食品企业按照要求办理了保健食品委托生产加工相关手续。