2004年8月16日，吉林省卫生厅卫生监督所接到卫生部卫生监督中心下发的《关于开展全国医疗机构专项调查工作的通知》及《全国医疗机构专项调查方案》后高度重视，立即根据专项调查工作通知精神及调查方案的要求，结合吉林省的实际情况，制定了《吉林省医疗机构专项调查方案》、《吉林省卫生厅卫生监督所开展全省医疗机构专项调查工作方案》，并于同日下发了《吉林省卫生厅卫生监督所关于召开全省医疗机构专项调查工作会议的通知》。
吉林省医疗机构专项调查工作会议于8月23日在长春召开。周振元所长首先传达了全国卫生监督所（局）长会议精神。李海波副所长传达了卫生部卫生监督中心《关于开展全国医疗机构专项调查工作的通知》精神和《全国医疗机构专项调查方案》要求，并部署了吉林省医疗机构专项调查工作。为确保专项调查工作的顺利完成，保证所调查资料的真实、可靠，具有可比性，真正反映吉林省医疗服务市场的现状，会上，省卫生厅卫生监督所对分别代表全省9个市州卫生监督机构出席会议的17名正式代表进行了调查表格填写等业务知识培训。
按照《吉林省医疗机构专项调查方案》的要求，吉林省共调查各级各类医疗机构289家。通过此次专项调查，将初步摸清各级医疗机构（各级各类医院、门诊部、个体诊所）传染病防治、消毒管理以及医疗废物处理管理制度落实情况；非法行医和医疗机构聘用非卫生技术人员行医、"出租科室"、"外包科室"，超范围开展诊疗活动情况；医疗机构执业人员情况等。
目前，吉林省医疗机构专项调查工作已在全省9个市州全面展开。吉林省卫生厅卫生监督所将根据卫生部卫生监督中心的要求，按时完成全省的医疗机构专项调查工作，及时总结并上报相关材料。