2003年10月至2004年3月，江苏省卫生厅对辖区内部分县市卫生行政部门、各级各类医疗机构、疾病预防控制机构、卫生监督机构开展了一次传染病专项执法检查。据统计，全省共检查6903个单位，其中卫生行政部门100个、各级各类医疗机构6601个、疾病预防控制机构106个、卫生监督机构96个。检查结果表明：江苏省各级卫生行政部门及卫生监督机构对传染病防治工作重视，加强了对CDC和医疗机构疫情报告规范化的监督管理，加大了监督执法的力度；各级疾病预防控制机构不断加强自身建设，建立和健全了疫情报告系统，规范了预防用生物制品供应渠道，加强了对传染病菌（毒）种的管理；各级各类医疗机构能依法防治传染病，不断完善传染病防治工作各项规章和管理制度，传染病疫情报告、医院消毒隔离制度执行、医务人员个人防护、医疗废物和医院污水无害化处理等方面的工作得到了进一步加强。
同时发现，江苏省传染病防治工作存在的主要问题有：1、传染病防治工作基础设施相对薄弱，普遍存在人员及经费投入严重不足的情况；2、民营医疗机构、企业医疗机构、乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务站、个体诊所等在传染病疫情报告、消毒管理、医疗废物和污水无害化处理、医务人员个人防护等方面的工作有待进一步加强；3、对消毒产品的生产、经营、使用行为的监管存在薄弱环节；4、卫生监督执法力度和执法水平有待进一步加强和提高。