为贯彻卫生部"全国禽流感防治工作电视电话会议"精神，防止人禽流感的发生与流行，重庆市卫生局卫生监督所根据卫生部公告[2004]2号、《卫生部关于加强高致病性禽流感疫情期间食品卫生监督管理工作的紧急通知》和卫生部卫生监督中心《关于做好高致病性禽流感疫情期间卫生监督工作的通知》文件精神，先后向辖区卫生监督机构发出紧急通知并下发了《重庆市卫生局突发人间禽流感疫情应急处理预案》（试行），要求各地认真做好禽流感防治工作，并按照市卫生局的部署，在禽流感疫情期间对农贸市场、食品超市等进行了食品卫生专项监督检查。
检查的重点是：从业人员的健康状况及卫生习惯，是否经营病死或死因（来历）不明的禽及禽肉，市场内鲜活畜禽经营区域与其它食品经营区域是否按规定分开设置，鲜活禽经营区域是否定期清洗和消毒，采购加工的禽肉原料是否索证和建立台账记录，建立定期的巡查制度，以及各食品商场、超市（农贸市场除外）等是否在经营或宰杀活禽。经对重百临江门商场、观音桥农贸市场等检查发现，多数食品经营单位（摊位）都能自觉遵守有关规定和要求，并对索证不完善、未建立进出货登记制度等不符合卫生要求的单位（摊位）现场提出了指导意见并责令限期改正。
目前，重庆市卫生局卫生监督所正有计划、有针对性地对辖区各卫生监督机构的监督员组织培训，以提高监督指导水平，预防人禽流感在重庆市的发生。