根据《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》及卫生部《卫生监督体制改革的意见》的精神，经自治区机构编制委员会批准（新机编字[2002]19号），新疆卫生厅卫生监督所于2002年7月10日成立。新成立的卫生监督所人员由原自治区卫生防疫站、地方病研究所、结核病防治研究所三个单位抽调人员组合而成。
该所为实现政事分开、依法行政、综合管理，根据卫生厅党组赋予的职能和任务，结合人员编制、学历、专业职称和人员构成，按工作职能的需要，于8月5日组建了8个行政业务科室。8月8日至9月5日，本着公开、平等、竞争、择优的原则，采取公布岗位职责、竞聘条件，聘请外单位专家参加综合考评，结合民意测验，组织考察，预告公示的方法和程序进行中层领导竞聘。同时，对中级以上人员根据原来的专业及特长进行了定岗。之后，又通过"双向选择"，于9月13日完成了初级专业技术人员竞争上岗。还完成了单位国有资产的产权认证，领取了事业单位国有资产产权登记证、事业单位法人资格证、组织机构代码证、收费许可证、开立了单位银行账户。
目前该所正进行建章建制工作，各项业务工作也在全面开展，积极运作。