根据“新型冠状病毒的肺炎防控工作会议”精神和相关通知要求，总队第一时间做出响应，制定下发了《重庆市卫生健康综合行政执法总队关于做好新型冠状病毒感染的肺炎防控监督工作的紧急通知》，组织全市各区县卫生监督局（执法支队）于1月22日完成了全市二级及以上医院预检分诊与发热门诊设置和开诊情况的专项监督检查。
截至22日，全市共出动传染病防治监督人员822人次，监督车辆231台次，完成了242家二级及以上医疗机构预检分诊与发热门诊设置和开诊情况的专项监督检查。发现存在各类问题的医疗机构167家，均对其下达了卫生监督意见书，并全力督促限期完善预检分诊、发热门诊、隔离控制区的各项设施设备。
1月24日，我市启动重大突发公共卫生事件I级响应，总队制定《关于进一步开展对全市新型冠状病毒的肺炎防治工作监督检查的紧急通知》，并印发至各区县，全市卫生监督机构立即行动，在全市范围内开展医疗卫生机构、口岸检疫站点卫生监督检查。
截至27日，全市出动监督人员487人次，监督车辆163台次，检查预检分诊点242家，发热门诊66家，隔离病区17家，检查口岸交通检疫站62家，存在问题143家，整改完成58家，专项监督检查工作还在进一步推进中。
1月28日，总队局长杨荣刚、副局长何中臣带队督导巡查新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作。截至28日，总队出动7人次，执法车辆3台，分三个组随机选择主城区10家发热门诊、5家机场车站码头、8家超市和12家药店进行暗访巡查。发热门诊未发现人员拥挤就诊情况；口岸检疫站有序开展；超市货物供应充足未出现拥挤抢购情况；药店的口罩、酒精均已断货，部分药房有抗病毒颗粒、莲花清瘟胶囊等少量抗病毒药品。暗访情况已向相关部门进行报告。