为进一步落实国家和甘肃省卫健委关于新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控措施，1月21日，省卫健委综合监督局成立了由主要领导担任组长的领导小组，紧急召开了专题动员部署会，抽调传染病防治、公共场所卫生监督等相关科室人员组成卫生监督检查指导组，迅速开展各项防控措施落实情况监督检查，并指导全省各级卫生监督执法机构开展工作。从21日起，所有卫生监督执法人员取消休假，工作人员全部到岗。
1月22日，省局监督检查组对省直11家医疗机构新型冠状病毒感染肺炎疫情防控工作开展了监督检查。依据《传染病防治法》、《突发公共卫生事件应急条例》等法律法规，结合《甘肃省新型冠状病毒感染的肺炎防控技术方案》，重点对各医疗机构传染病预检分诊制度落实、疫情监测和报告、发热门诊设置和使用、医疗救治培训、春节期间急诊应急值班、急救车设施设备配备等情况进行了监督检查。
检查发现，各医疗机构能积极部署防控工作，第一时间组织医护人员开展培训和应急准备，能够落实日报告零报告制度。省中医院利用自身优势熬制抗病毒汤药向就诊群众免费发放，兰大一院及时改造急诊诊室用于发热门诊。针对个别医院存在的预检分诊制度落实不到位、发热门诊设置不合理、医疗废物处置不规范等问题，检查组及时向医院进行了反馈，并现场进行了指导，要求各医疗机构提高政治站位，立即整改到位，高度重视做好疫情防控工作。
1月23日上午，省局紧急召开了全省卫生监督系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控监督动员部署视频会议，传达了我省新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控卫生监督工作方案，对全省疫情防控卫生监督工作进行了安排部署，要求各级卫生监督机构尽快抽调业务骨干组成监督检查组，依法依规对辖区医疗机构防控工作，特别是传染病预检分诊制度落实、疫情监测和报告、发热门诊设置和使用情况开展监督检查，并每日上报工作进展。