2016年6月起，根据国家卫生计生委、省卫生计生委的工作安排，省卫生监督所协助省卫生计生委迅速组织召开了全省的传染病防治卫生监督综合评价工作培训会，省卫生计生委各相关处室、全省各试点市卫生行政部门、卫生监督机构负责人及相关专业监督员、采供血机构负责人和部分委直管医疗机构相关业务负责人等230人参加了培训。省卫生监督所根据全省传染病防治监督工作的实际对国家工作手册七大项共197条进行了初步分解细化，印发我省工作手册300余册，指导全省规范开展试点工作；通过网络、电话等联系方式及时向各试点地市答疑解惑，介绍该项目数据填报录入系统的使用方法，利用培训授课机会为其他非试点地市讲解手册和软件内容，为今后扩大试点工作打下基础；通过该项目在创新监督模式、提高现场监督效能方面进行了探索，在部分省直管医疗机构中试行了医院制度、资质提前审查模式，并投入资金7万元，用于软件项目开发，项目正式投入后的预期效果：实现医疗机构传染病防治相关制度和资质的线上监督检查，节省现场监督检查时间，现场监督检查评价表电子化，手机APP的使用，方便监督员查阅和使用，也可避免缺项漏项，便于医疗机构各项基本信息、检查结果数据的汇总和分析。同时，省所制定下发了该项目手册和评价表的勘误表，目前广泛收集项目实施过程发现的问题和修订建议。
目前该项目的开展已初见成效。例如汉中市以试点工作为契机，结合自身工作特点，将试点工作覆盖了全市所有一级以上医院、乡镇卫生院、社区卫生服务中心（站）、门诊部、诊所、疾病预防控制机构和血站。采取大力宣传、初评、复评、专家评审、督导检查等措施，促进了本市的病原微生物室生物安全管理备案工作和试点单位传染病防治重点环节的硬件设施改造和完善，进一步规范了试点单位的传染病防治管理档案。各医疗机构传染病分类监督试点医疗机构评分结果将在各大媒体上进行公示，便于群众监督。
截止到2016年10月31日， 我省已全面完成机构传染病防治分类监督综合评价试点项目工作。