为落实国家卫生计生委《关于进一步做好“山东济南非法经营疫苗案件”线索指向医疗卫生机构及人员核查工作的通知》（国卫发明电〔2016〕19号）和新疆自治区卫生计生委《转发国家卫生计生委办公厅关于进一步做好“山东济南非法经营疫苗案件”线索指向医疗卫生机构及人员核查工作的通知的通知》（新卫明电〔2016〕31号）的精神和《关于报送疫苗使用管理专项监督检查数据资料的通知》要求，新疆自治区卫生计生委卫生监督所组织制订了《开展疫苗使用管理专项监督检查工作方案》，并于2016年4月13日至15日派出两个检查组对自治区本地、乌鲁木齐市、头屯河区、新市区、天山区、昌吉回族自治州、昌吉市、吐鲁番市、高昌区疾病预防控制机构和预防接种单位进行监督检查。
本次专项监督检查疾病预防控制中心9家，疾病预防控制中心预防接种门诊2家。重点监督检查了疫苗购进、冷藏、运输、使用和管理等各个环节进行监督抽查，了解当地卫生监督机构开展此项工作的情况。针对监督检查中发现的有关问题，现场下达了卫生监督意见书，责令立即进行整改，同时对违法违规行为立案调查。