为认真贯彻落实《传染病防治法》、《疫苗流通和预防接种管理条例》等法律、法规，切实履行传染病防治工作监督检查职责，有效预防控制传染病的传播和蔓延，根据《北京市卫生局关于印发2014年北京市卫生监督重点检查计划的通知》（京卫法监字〔2014〕35号）安排，北京市卫生监督所认真组织全市卫生监督机构，在全市范围内开展了以医疗机构、疾病预防控制机构和采供血机构的预防接种管理、传染病疫情报告、传染病疫情控制、消毒隔离制度执行情况、医疗废物处置、病原微生物实验室生物安全管理为重点的传染病防治监督检查工作。
截至2014年10月底，北京市共有各级各类医疗卫生机构9801家，其中三级医疗机构76家，监督覆盖率100%；二级医疗机构127家，监督覆盖率100%；其他医疗机构9570家，监督覆盖率92.32%；采供血机构5家，监督覆盖率100%；疾病预防控制中心23家，监督覆盖率100%。
全市共监督检查接种单位和疾病预防控制机构524家，医疗卫生机构传染病疫情报告9062家，传染病疫情控制7827家，消毒隔离制度执行情况8989家，医疗废物处置情况9066家，病原微生物实验室设立单位770家。对214家违反传染病防治法律法规行为的医疗卫生机构进行了行政处罚，其中二级医院5家，其它医疗机构208家，疾病预防控制机构1家。违反传染病疫情报告有关规定的2件，违反消毒隔离有关规定的32件，违反医疗废物处置有关规定的182件。警告181户，责令改正172户，罚款154户，罚款34.24万元人民币。
2014年北京市卫生监督所还结合传染病流行特点，在冬春季呼吸道传染病及夏季肠道传染病流行季节组织区县开展对设有感染性疾病科和（或）肠道门诊的医疗机构的专项监督检查。同时根据卫生部和市卫生局人感染H7N9禽流感、手足口病、麻疹防治工作、埃博拉出血热等防控工作的要求，组织全市卫生监督机构开展监督检查，加强了对医疗机构疫情报告和预检分诊制度执行情况的监督检查。并举办全市卫生监督机构传染病防治监督骨干人员培训班，提高传染病防治监督执法技能。